· الجمعية العمومية هي السلطة العليا بالمجلس وتتولى رسم سياساته ومتابعة و مراقبة تنفيذ أنشطته، ولها أن تتخذ في حدود الدستور جميع القرارات اللازمة لمتابعة سير العمل داخل أجهزة المجلس بما يحقق أهدافه ويطور عمله.
· تعقد الجمعية العمومية إجتماعها العادي مرة كل ثلاث سنواتو عند الضرورة القصوى تدعو إلى إجتماعات طارئة.
· تعين الجمعية العمومية وتنتخب 45 عضواً كحد أقصى لمجلس المحافظين وفقاً للدستور واللوائح.
· تتولى اللجنة التنفيذية والأمين العام مسئولية إدارة المجلس العربي للمياه وإتخاذ القرار فيما بين اجتماعات مجلس المحافظين.